To Γυμνάσιο Φυλής ιδρύθηκε και λειτούργησε το 1979. Αρχικά συστεγαζόταν σε ένα κτίριο με το Δημοτικό Φυλής. Το πρωί λειτουργούσε το Δημοτικό, ενώ το Γυμνάσιο λειτουργούσε τις απογευματινές ώρες. Το 1984 λειτούργησε Λυκειακό Παράρτημα (Α & Β Λυκείου). Οι μαθητές δεν επαρκούσαν  για την δημιουργία Γ' Λυκείου και αναγκάζονταν να πηγαίνουν σε Λύκεια των Άνω Λιοσίων.

Το 1996 ο ΟΣΚ παρέδωσε νέο κτίριο για την λειτουργία του Γυμνασίου με Λυκειακές Τάξεις Φυλής, οπότε λειτούργησε με πρωινό ωράριο. 

Το 2009 εγκρίθηκε η ίδρυση αυτόνομου Λυκείου Φυλής, αλλά  δεν λειτούργησε λόγω κτιριακού προβλήματος.

Το 2010 αποφασίστηκε, για πρώτη φορά, η λειτουργία του Λυκείου Φυλής ως αυτόνομη σχολική μονάδα.

Τα σχολικά έτη 2015-2017 ανέλαβε χρέη διευθύντριας η κα. Βαρδαλάχου Ευαγγελία, Εκπαιδευτικός Πληροφορικής με μεταπτυχιακό στις "Τεχνολογίες της Πληροφορίας για την εκπαίδευση" και Διδακτορικό από το Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών.

Τα σχολικά έτη 2017-2020 ανέλαβε χρέη διευθύντριας η κα Μαρτίνου Ευφροσύνη, Φιλόλογος και Νομικών Επιστημών.